A partir de 1503 el gobernador de la isla, Nicolás de Ovando, inició la «importación» de negros africanos esclavizados para reemplazar a los autóctonos, principalmente procedentes del reino de Dahomey. La trata de esclavos fue oficialmente autorizada por el rey Carlos I de Españaen 1517. Ya en 1530, las minas parecieron agotarse y los colonos concentraron sus esfuerzos en la parte oriental de la isla, abandonando la zona Oeste.Es entonces cuando los franceses se interesaron por la parte occidental de la isla. Hacia 1625, los franceses ocuparon la zona Noroeste y ganaron progresivamente terreno hacia el Sur. Bajo el impulso del ministro Jean Baptiste Colbert desde la metrópoli la colonia empezó a florecer. Trasel Tratado de Ryswick (1697)y la subida al trono español de Felipe V (1700), nieto de Luis XIV de Francia, España abandonó sus pretensiones sobre la posesión de Haití, tolerando la presencia francesa en la parte occidental (colonia de Saint-Domingue). Finalmente el Tratado de Aranjuez (1777) hace oficial la soberanía francesa.
En la colonia se cultivaba principalmente el tabaco y el índigo. A medida que fue aumentando la llegada de franceses desde la metrópoli, se desarrolló la trata de negros y , en 1685, se redactó el Código Negro, destinado a regular el régimen de esclavitud. Pronto, la colonia de Saint-Domingue se convirtió en la más rica de las Antillas. Su prosperidad se debía a la explotación de la caña de azúcar y del café, reemplazando al tabaco y el índigo.
En las vísperas de
la Revolución Francesa de 1789, se empleaban cerca de 500 000 esclavos negros para servir a 32 000 blancos, y 28 000 mulatos liberados. Los efectos de la Revolución Francesa se hicieron sentir. Se produjeron estallidos de violencia mientras los colonos reclamaban una autonomía para la colonia y los mulatos perseguían la igualdad civil con los blancos. En agosto de 1791, estalló la revuelta de los negros en la llanura del Norte. Bajo el mando de sus jefes, entre ellos
Toussaint L’Ouverture, los negros pasaron de la revuelta a la guerra. Consciente de que sólo la República francesa garantizaba la liberación de los esclavos, Toussaint L’Ouverture se alió a los republicanos en 1794. En cuestión de meses, encabezando un ejército de 20 000 negros, consiguió volcar la situación y liberó la mitad del territorio. En recompensa, fue nombrado general de división y vice-gobernador de la isla en 1796. Impuso la supremacía de los negros sobre los mulatos en el curso de una guerra civil en 1800. Un año después, extendió su autoridad sobre el conjunto de la isla al invadir la parte oriental española y al promulgar una constitución. Impulsó la economía de las plantaciones, instaurando los trabajos forzados.
Al hacerse nombrar gobernador vitalicio por la constitución del 12 de julio de 1801, Toussaint L’Ouverture desafió a Napoleón Bonaparte, quien respondió con el envío de la expedición de Saint-Domingue, con el pretexto de restablecer el orden. Bonaparte, mediante un decreto (25 de diciembre de 1800), había enviado a tres ‘comisionados’ para restablecer el antiguo orden colonial con todo lo que ello implicaba. La expedición de Saint-Domingue, compuesta por 30 mil hombres y dirigida por el General Leclerc, llega a su destino el 29 de enero de 1802. A bordo de sus navíos se encuentran los generales André Rigaud, Alexandre Pétion y Jean Pierre Boyer, oriundos de la isla.
Toussaint L’Ouverture, que estaba al tanto de los proyectos de Bonaparte, dio orden a sus lugartenientes de llevar a cabo una guerra de exterminio contra los franceses. El 17 de febrero, el comandante del ejército galo desembarcado declaraba ‘fuera de la ley’ a todos los jefes negros de la isla. Los negros resistirán pero tendrán que ceder ante el imparable avance de las tropas de Leclerc. Henry Christophe y Jean-Jacques Dessalines (generales de Toussaint Louverture) se rinden a Leclerc, forzando a Toussaint a reconocer su derrota y firmar su rendición en mayo de 1802. El 7 de junio es arrestado y deportado hacia la metrópoli, internado en el Fuerte de Joux (región del Jura), dónde moriría el 7 de abril de 1803.
Los tres generales franceses-haitianos, se distancian progresivamente de la expedición francesa para acabar en el bando de los insurgentes, la operación de Leclerc no tenía más objetivo que restablecer la esclavitud.
La revuelta estallaría de nuevo el 13 de octubre de 1802, liderada por
Alexandre Pétion. Pétion cede a Henry Christophe el mando de la insurrección. Dessalines sería el último en unirse a los insurgentes.
El día 18 de noviembre de 1803 el ejército francés es derrotado en la batalla de Vertières, Rochambeau ordena la evacuación de la isla. El 19 de noviembre de 1803 Dessalines le impone al Conde de Rochambeau la capitulación.Tras la marcha de los franceses, Dessalines provocará el linchamiento de la población blanca, salvándose sacerdotes, médicos, técnicos y algún simpatizante de los negros. Devuelve a Saint-Domingue su nombre indio de Haití (Ayití) y proclama la República el 1 de enero de 1804. Apenas creada la República Haitiana se vio gravemente endeudada: Francia no estaba dispuesta a reconocer su independencia si a cambio no recibía una indemnización de 150 millones de francos en oro.
En octubre de 1804, Dessalines tomó el título de emperador con el nombre de Jacques I. Instituyó el francés como lengua oficial, a pesar de que la gran mayoría de la población no hablaba otra lengua que la criolla. Confiscó las tierras de los antiguos colonos, entregando las mejores a sus oficiales y su Constitución del 20 de mayo de 1805 prohibía terminantemente a los blancos tener propiedades.
Deseando dinamizar la economía de la isla, instauró el trabajo obligatorio de los cultivadores con un reglamento más duro que el de Toussaint L’Ouverture, lo que provocó que el pueblo se sublevara de nuevo contra esa dictadura. Jacques I es sorprendido por la noticia de la revuelta cuando se encontraba en Marchand, el 16 de octubre de 1806, traicionado por uno de sus jefes de batallón, caería en una emboscada a la entrada de Port-au-Prince (Puerto Príncipe), y sería asesinado el 17 de octubre, por un general a las órdenes de Alexandre Pétion.